Além dos Grupos de Trabalho, a ABA-Agroecologia também participa de importantes espaços de debate público como a Articulação Nacional de Agroecologia (ANA); o Fórum de Agroecologia da Embrapa; o Comitê de Agroecologia do Conselho Nacional de Desenvolvimento Rural (Condraf); a Comissão Nacional de Sistemas Orgânicos de Produção; a Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio); a Comissão Nacional da Política de Agroecologia e Produção Orgânica (Cnapo) – responsável pela elaboração do Plano Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (Planapo). Além de ser parceria da Sociedad Científica Latinoamericana de Agroecologia (SOCLA).
De forma descentraliza apoia e realiza, conjuntamente com outros parceiros, projetos, campanhas e outras iniciativas.